Susunan organisasi Dinas DIKPORA DIY terdiri atas:
a. Kepala Dinas;
b. Wakil Kepala Dinas;
c. Sekretariat, terdiri atas:
1. Subbagian Keuangan;
2. Subbagian Kepegawaian; dan
3. Subbagian Umum.
d. Bidang Perencanaan dan Pengembangan Mutu Pendidikan, terdiri atas:
1. Seksi Perencanaan dan Pendataan Pendidikan; dan
2. Seksi Pengembangan Mutu, Evaluasi, dan Fasilitasi Pendidikan.
e. Bidang Pendidikan Menengah, terdiri atas:
1. Seksi Sekolah Menengah Atas; dan
2. Seksi Sekolah Menengah Kejuruan.
f. Bidang Pendidikan Khusus, terdiri atas:
1. Seksi Kurikulum dan Peserta Didik Pendidikan Khusus; dan
2. Seksi Kelembagaan dan Sarana Prasarana Pendidikan Khusus.
g. Bidang Guru dan Tenaga Kependidikan, terdiri atas:
1. Seksi Pembinaan Karier dan Pengembangan Profesi; dan
2. Seksi Kesejahteraan, Penghargaan, dan Perlindungan.
h. Unit Pelaksana Teknis; dan
i. Jabatan Fungsional.
a. Kepala Dinas;
b. Wakil Kepala Dinas;
c. Sekretariat, terdiri atas:
1. Subbagian Keuangan;
2. Subbagian Kepegawaian; dan
3. Subbagian Umum.
d. Bidang Perencanaan dan Pengembangan Mutu Pendidikan, terdiri atas:
1. Seksi Perencanaan dan Pendataan Pendidikan; dan
2. Seksi Pengembangan Mutu, Evaluasi, dan Fasilitasi Pendidikan.
e. Bidang Pendidikan Menengah, terdiri atas:
1. Seksi Sekolah Menengah Atas; dan
2. Seksi Sekolah Menengah Kejuruan.
f. Bidang Pendidikan Khusus, terdiri atas:
1. Seksi Kurikulum dan Peserta Didik Pendidikan Khusus; dan
2. Seksi Kelembagaan dan Sarana Prasarana Pendidikan Khusus.
g. Bidang Guru dan Tenaga Kependidikan, terdiri atas:
1. Seksi Pembinaan Karier dan Pengembangan Profesi; dan
2. Seksi Kesejahteraan, Penghargaan, dan Perlindungan.
h. Unit Pelaksana Teknis; dan
i. Jabatan Fungsional.
Unit Pelayanan Teknis Dinas (UPTD)
- Balai Latihan Pendidikan Teknik (BLPT)
- Balai Teknologi Komunikasi Pendidikan (TEKKOMDIK)
- Balai Pemuda dan Olahraga (BPO)
- Balai Pendidikan Menengah Kota Yogyakarta
- Balai Pendidikan Menengah Kabupaten Sleman
- Balai Pendidikan Menengah Kabupaten Bantul
- Balai Pendidikan Menengah Kabupaten Gunungkidul
- Balai Pendidikan Menengah Kabupaten Kulon Progo
- SMAN, Terdiri atas 69 SMA Negeri
- SMKN, Terdiri atas 49 SMK Negeri
- SLBN, Terdiri atas 9 SLB Negeri
